普通副本根据游戏设定，每通关一个副本即可开启下一个副本，同时副本的开启还受到玩家等级的限制。随着游戏的进行，后续开启的副本难度也会逐渐增加，通过前边副本掉落的道具对卡牌进行等级、技能的全面提升，打过普通副本难度并不大。每个副本都由5个关卡组成，分为4个小怪关，1个BOSS关，每个小怪关会消耗玩家6点体力，BOSS关会消耗玩家7点体力;副本中的4个小怪关对进入次数是没有限制的，但BOSS关会有次数限制，有条件自然也会有奖励，虽然BOSS关进行了次数设定，但是同样会有几率获得英雄卡牌。
除了以上提到的卡牌，各种提升属性技能道具以外，每个副本都以3星评价通关时，还可以领取到晶钻作为强力党的奖励。
精英副本
精英副本的开启条件为通关当前副本的普通难度。精英副本开启后，其中同样包括4个小怪关卡，1个BOSS关卡，而精英副本中小怪关卡的体力消耗为12点、BOSS关卡消耗的体力为14点，每天每个精英副本也只可以刷一次。获得道具的数量和品质就要看玩家人品了。
在以全3星评价通关精英副本时，同样可以获得晶钻作为奖励。
活动副本
官方活动和系统设定的周期性活动举办地，活动副本分为多种，有针对英雄卡牌的，经验的，以及非常具有挑战性的副本。
活动副本消耗体力大，不过通关后所得的奖励也是非常丰厚的。当天开启中的活动副本以及即将开启的副本会在活动副本界面内出现，活动副本的周期基本上是固定的，但是到了节假日或者游戏新版本推出，活动副本的周期会发生改变，这些信息需要玩家关注官方公告，合理分配自己的体力。
周一开放活动副本： 力量试炼 经验书院
周二开放活动副本： 敏捷试炼 金币试炼
周三开放活动副本： 智力试炼 经验书院
周四开放活动副本： 力量试炼 金币试炼
周五开放活动副本： 敏捷试炼 经验书院
周六开放活动副本： 智力试炼 金币试炼
周日开放活动副本： 试炼全开 经验书院
副本收益
《刀塔女神》中的副本分为普通副本、精英副本、活动副本，根据游戏设定，需按照副本的进度顺序，一关一关打通，普通副本根据玩家等级进行限制开启，等级越高可以打的副本越多。普通副本内前4个关卡，对进入次数没有限制可以无限进入，第5个关卡限定了挑战次数，通关此处可以获得对应BOSS卡片。精英副本需要先将对应的普通副本通关，才可以开启精英副本。活动副本分为力量试炼、敏捷试炼、智力试炼、法师书院。
副本通关后会有通关评价，评价分为1星、2星、3星，评价越高获得的游戏币数量也就越多。评价根据通关评分进行判定。
1星获取条件：通关
2星获取条件：通关且评分在900~950分之间
3星获取条件：通关且评分在951分以上
获得1星评价：游戏币收入不变
获得2星评价：游戏币可以获得1.5倍收入
获得3星评价：游戏币可以获得2倍收入
副本中的收入除了游戏币、经验、卡牌以外，还可以获得提升卡片、技能升级的道具及探索时PVP所需的道具。不同级别的升级道具分布在各个副本当中，等着强力玩家来搜寻。
